ТОМ 29, ВЫПУСК 4 • ДЕКАБРЬ 2025.
2025 Двигательные расстройства Обзорная статья года
Исследование нейродегенеративных заболеваний с использованием технологий секвенирования длинных прочтений и оптического картирования генома.
Мы рады, что получили награду «Лучшая обзорная статья года 2025» от [название издания]. Двигательные расстройства журнал. После отправки в Двигательные расстройства В связи со статьей, описывающей случай двух братьев и сестер с фенотипом, совместимым с болезнью Паркинсона, ассоциированной с PRKN, который был диагностирован с помощью секвенирования длинных прочтений (LRS), главный редактор любезно пригласил нас написать обзор, посвященный новым технологиям, для аудитории, не являющейся генетиками.
Мы посчитали, что этот обзор появился в нужное время по двум причинам. Во-первых, все больше людей использовали LRS в контексте нейродегенеративных заболеваний, и все больше данных из литературы подтверждали его способность решать случаи, не объяснимые с помощью полноэкзомного или полногеномного секвенирования коротких прочтений. Во-вторых, самый последний обзор был опубликован в 2021 году Су и др. в журнале Neurology, поэтому обновление представлялось необходимым. Мы с удовольствием приняли этот обзор и стремились предложить широкий обзор последних достижений как LRS, так и оптического картирования генома (OGM), а также их ограничений, проблем и возможностей на будущее.
Существует три основных типа генетических вариаций, влияющих на человеческие признаки: малые варианты (варианты, включающие менее 50 пар оснований, также называемые однонуклеотидными вариантами и вставками/делециями), короткие тандемные повторы (также известные как экспансии повторов, RE) и структурные варианты (SV, делеции, вставки, дупликации, инверсии, транслокации). Многие предположительно моногенные заболевания до сих пор не имеют точной молекулярной диагностики, главным образом потому, что традиционные методы секвенирования неэффективны для обнаружения SV и RE, которые являются причиной многих нейрогенетических заболеваний. Поэтому ряд инициатив направлен на использование LRS и/или OGM для расшифровки генетических основ нейродегенеративных заболеваний. В обзоре мы привели несколько подробных примеров, чтобы дать читателю представление о достижениях LRS и OGM. Мы обсуждаем, как LRS позволил нам выявить варианты, не обнаруженные с помощью секвенирования коротких прочтений, при известных нейродегенеративных заболеваниях (например, PRKN, SPG4) и обнаружить новые причинные гены (например, нейрональная интрануклеарная инклюзионная болезнь и экспансия 5'-UTR NOTCH2NLC, спиноцеребеллярная атаксия 4 типа и ZFHX3). Мы также демонстрируем способность LRS характеризовать размер и мотив повторов, которые влияют на возраст начала заболевания, пенетрантность, наследование и клинические фенотипы (CANVAS и RFC1, FXTAS и FMR1, SCA27B и FGF14). Мы также описываем возможность фазирования вариантов с использованием LRS и различения вариантов в генах от вариантов в их псевдогенах (GBA1, SORD2), а также возможность идентификации новых транскриптов. Мы также подчеркиваем преимущества и недостатки оптического картирования генома при идентификации структурных вариантов и повторов. Хотя в настоящее время эти технологии в основном используются в исследовательских целях, мы ожидаем их более широкого внедрения в клинических лабораториях в будущем. Мы надеемся, что этот обзор поможет специалистам понять их полезность и ограничения, а также разумно использовать их как в диагностике, так и в исследованиях!
Послушайте интервью в подкасте, посвященное этой статье:
Теперь слушай
Читать далее Движение вперед: